بدأت خيرات النيل رحلتها عام 2000 تحت اسمها السابق «سقارة للحاصلات البستانية»، حين أدركت المجموعة الحاجة إلى تأسيس ذراع صناعية في مصر، أحد أهم مراكز الإنتاج الزراعي في المنطقة. بدأت العمليات بخطوط فرز وتدريج صغيرة في طنطا، ثم توسّعت وانتقلت إلى مدينة السادات الصناعية لتلبية متطلبات التصدير وخدمة عملاء المجموعة في الخليج.

ومع تزايد الطلب وارتفاع جودة المنتجات الزراعية المصرية، شهدت الشركة توسّعاً كبيراً. وفي عام 2017، أُعيد إطلاقها باسم خيرات النيل للتجارة والاستثمار، لتصبح إحدى أهم مراكز التصنيع والتعبئة وسلسلة التبريد في المجموعة.

واليوم، تتجاوز خيرات النيل دور المنشأة التصنيعية لتشكّل مركزاً متكاملاً للعمليات الصناعية، يعالج آلاف الأطنان سنوياً، ويقدّم خدمات التبريد والخدمات اللوجستية، ويؤدي دوراً محورياً في إيصال المنتجات المصرية إلى أوروبا والخليج وشمال أفريقيا والأردن.

وفي عام 2021، أُنشئ مصنع متخصص لتقديم حلول متكاملة لإنتاج الصناديق والعبوات البلاستيكية، لخدمة قطاعات التعبئة والتخزين والتصدير. ويعتمد الإنتاج على مواد عالية الجودة وتقنيات تصنيع متقدمة تضمن المتانة والكفاءة، مع تنوّع في الأحجام والتصاميم لتلبية احتياجات السوق المحلي وأسواق التصدير.